三代试管婴儿的缺点：
    1、现代人工辅助生技术—三代试管婴儿，使精子失去了优胜劣汰竞争机会，可能将带微缺失的Y染色体遗传下去，容易造成流产死胎，先天畸形等缺陷；

    2、如果女性身体不具备孕育条件，比如内分泌紊乱，黄体功能不全，有过流产史，即使施行三代试管婴儿手术成功，也可能造成流产；

    3、可能出现伦理道德问题，地下精子库的不规范增加了人工授精的许多伦理问题，有些机构对精子没有严格把关，精子来源不明，无法保证胎儿质量；

    4、增加了多胎妊娠风险，多胎妊娠的孕妇并发症多，早产发生率及围生期死亡率高，属高危妊娠范围，所以医患双方都希望得到单胎，最多是双胎妊娠；

    5、对女性生理的干扰较大。刺激排卵导致卵巢反应低下，易出现于卵巢功能早衰，年轻女性于40岁以前闭经、卵巢不敏感综合征。